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1. Pour importante qu'elle soit, la doctrine des indulgences est inconnue du premier millénaire chrétien. Elle apparaît au XIe siècle et se généralise au Moyen-Age, notamment dans le contexte des pèlerinages (peines de substitution) et des croisades (notion d'indulgence plénière). La dérive mercantile caractérise les XIV-XVe siècles : il en résulte la réaction véhémente de Luther et la permanence d'un langage bancaire (les "trésors" dont l'Eglise bénéfice et qu'elle gère dans l'intérêt des fidèles, invités à "gagner" des indulgences).
2. Dans la doctrine classique, l'indulgence est une remise de la peine temporelle attachée à la faute (dès l'origine, excommunication : c'est-à-dire éloignement de l'eucharistie pendant un temps de pénitence publique). En tant qu'elle est elle-même comblée de la grâce de Dieu, l'Eglise a le pouvoir de "grâcier" un pécheur, en ce qui concerne la peine terrestre impliquée par la faute commise. Cette remise de peine s'accompagne d'une peine de substitution (pèlerinage, prière, aumône), attestant l'adhésion consciente du pécheur à la grâce divine.
3. La justification de ce droit de grâce fait appel, non aux mérites de l'intéressé (ce qui contreviendrait à l'affirmation centrale du salut par la foi ; cf. promulgation de l'accord luthéro-catholique sur la justification le 31 octobre 1999), mais aux "satisfactions" du Christ et des saints, c'est-à-dire le fait que seul le Christ est la source du salut et que les saints sont eux-mêmes les premiers sanctifiés, par la grâce du Christ. Ainsi la doctrine des indulgences met en œuvre la "communion des saints" : solidarité de tous les fidèles, de la terre et du ciel, dans la communion au salut de Dieu reçu dans le Christ et confessé dans la foi.
4. Le système des indulgences, sous la forme de remises de peines quantifiées, répond à la pratique médiévale de la "pénitence tarifée" (peines traduites en termes de durée). Une réelle dérive apparaît avec la projection au-delà de la mort et la définition d'un espace de purification post mortem, le Purgatoire. Le risque est bien alors d'empiéter sur le domaine revenant à Dieu seul.
5. En l'absence d'une pratique pénitentielle tarifée, le décompte des indulgences ne peut être que symbolique et rappeler au chrétien :
- qu'il est un pécheur pardonné par pure grâce, au titre du salut en Jésus Christ, l'unique médiateur inscrivant en pleine condition humaine la totale et parfaite sainteté de Dieu ;
- qu'en accueillant le pardon de Dieu signifié par l'Eglise (notamment à travers le sacrement de réconciliation), il participe à la communion des saints, dans l'unique corps du Christ, sanctifié par le Christ tête ;
- que la gratuité du pardon ne justifie nullement l'inaction ou la passivité, mais appelle des actes concrets de pénitence, réparation, réconciliation, à la mesure de la faute commise et des dommages causés à soi-même et à autrui ;
- que la dimension pédagogique du pardon (pénitence en vue d'une conversion) ne doit pas occulter la gratuité du don de Dieu et le caractère second de l'agir chrétien : non pas performance en vue d'un progrès personnel, mais action de grâces, en réponse à l'initiative du don de Dieu (y compris sous la forme du pardon).